進入4月份以后，全國小麥從南到北陸續開始抽穗、揚花、受粉、灌漿，小麥生長即進入中后期。中后期是小麥產量形成的關鍵時期，尤其是灌漿期，是小麥一生中病害發生最多的時期，也是防治病害的重要時期，控制好該時期的病害對小麥豐產增收至關重要。
我國小麥中后期的主要病害有：銹病（條銹、葉銹）、白粉病、赤霉病、紋枯病、全蝕病、黑穗病、根腐病、葉枯病、穎枯病、細菌性條斑病等。
在防治上注意如下技術要點：
中后期病害防治要嚴格遵循“準確監測、帶藥偵查、發現一點、防治一片”的策略，“打點保面，降低菌源基數、減緩流行速率”，采取“一噴三防”措施，開展大面積專業化防治。具體操作時，力爭達到規范化防控，即定人、定點、定時進行監測；統一采購、統一供應、統一配制、統一施藥進行防治。
“一噴三防”技術指的是將殺菌劑、殺蟲劑、植物生長調節劑（如微肥、抗旱劑等）混配，一次噴藥可以達到防病、防蟲、防倒伏（防干熱風、防早衰）“三防”效果。但需要注意的是嚴格按照農藥復配、混配原則進行，“一噴”也要因病蟲害而異。比如，防治銹病力爭做到“早發現、早預警、早防治”，藥劑可用三唑酮或烯唑醇，按標簽說明兌水30－50公斤進行全株噴霧，每隔5－7天噴一次，共噴2－3次。
防控時期也是關鍵，一定在病害發展達到防治指標時用藥，其中小麥條銹病的防治指標是病株率達10％或病葉率達5％。小麥白粉病防治指標是穗期病株率達60％以上、個別病株旗葉開始出現病斑，但對于高水肥麥田，尤其是常發區的感病品種田塊，要及時對發病點片進行挑治，以控制其蔓延。赤霉病是一種典型的氣候型病害，若在小麥抽穗揚花期遇有3天以上連陰雨天氣，氣溫在15℃以上，就會造成大流行，應立即進行小麥赤霉病預防。小麥赤霉病與吸漿蟲、麥穗蚜的防治，最佳防治適期同屬一個時期，即小麥抽穗至揚花盛期，可采取“一噴三防”措施，用烯唑醇或多菌靈或甲基托布津，加菊酯類農藥或氧樂果，再加二氫鉀，按標簽說明用量兌水30－50公斤，于傍晚或黎明針對穗部上下10厘米處噴藥，每隔3－5天噴一次，共噴2－3次，也可選用氰烯菌酯按說明噴霧防治。