隨著小麥生長進入抽穗期，多種重要病蟲害也進入了盛發期。其中尤以病害種類多，危害最為嚴重。依據發生部位，可以分為穗部病害、葉面病害和基部病害。在小麥生長后期，防治病蟲害最有效的方法是采用化學農藥進行應急防治。在開展病蟲害化學防治時，首先要選擇高效、低毒、低殘留、選擇性強的農藥，其次是適時采用正確的施藥方法進行防治，確保農藥的安全、高效使用。
發生在穗部的病蟲害主要是赤霉病、黑穗病、穎枯病和麥蚜，導致枯穗和千粒重下降，不僅可以引起嚴重減產，而且赤霉病菌還可以產生真菌毒素污染小麥，應引起高度重視。除了黑穗病只能夠在播種之前采用三唑類殺菌劑如苯醚甲環唑、戊唑醇等內吸性殺菌劑進行種子處理才可以防治以外，赤霉病、穎枯病、麥蚜等可以在抽穗揚花期和灌漿期用藥防治。防治赤霉病和穎枯病可以在齊穗至初花期，每畝用25%氰烯菌酯懸浮劑（SC）新型殺菌劑100毫升、或者30%戊唑醇加福美雙（戊福）混劑90-100克、或者40%多菌靈SC100毫升，對水40-50公斤常規噴霧，或兌水20公斤彌霧、靜電噴霧防治，以彌霧和靜電噴霧效果最佳。必須注意的是，如果噴水量不足，防效將顯著下降。防治麥蚜可以在發生初期選用10%吡蟲啉可濕性粉劑（WP）殺蟲劑20-25克/畝噴霧防治1-2次。
小麥生長后期的葉面病害主要是銹病（條銹和葉銹）及白粉病，可以在抽穗前選用20%戊唑醇或丙環唑懸浮劑（SC）20-40毫升，或15%三唑酮可濕性粉劑（WP）60-80克，兌水噴施，水量與防治穗部病害相同。在小麥生長后期連續噴施高效、低毒、選擇性強的三唑類農藥，既可以防治小麥赤霉病、穎枯病、銹病和白粉病，挽回產量損失，又可以有效控制赤霉病菌產生的毒素污染，同時還可以促進小麥生長、增強光合作用、抗干熱風和延緩衰老，顯著提高小麥產量。
小麥生長后期的基部病害主要是紋枯病和全蝕病，可引起小麥早衰甚至植株枯死。這兩種病害主要發生在植株基部，在小麥生長后期很難用殺菌劑進行防治，因為難以把藥劑施到發病的小麥莖基部，即使選擇內吸性殺菌劑，也不能在小麥體內向基部移動，所以應該通過控制田間濕度，減輕病害發生。